Academia de juniori a FC Inter Stars 2020 Sibiu este un pilon central al clubului, dedicată formării și dezvoltării tinerei generații de fotbaliști. Clubul are mai multe grupe de juniori, de la copii mici până la categoria U19, înscrise în competiții județene și naționale organizate de Federația Română de Fotbal și Asociația Județeană de Fotbal Sibiu. Printre grupele de juniori se numără Under 19, Under 17, Under 16, Under 15, Under 14, Under 13, Under 12 și U10, care participă în competiții județene și interjudețene, incluzând atât echipe de băieți, cât și mai multe grupe de fete, promovând astfel fotbalul feminin. Academia se clasează în 2025 pe locul 32 la nivel național în clasamentul academiilor, evidențiind calitatea pregătirii și organizarea competițiilor interne. În plus, echipele de juniori înregistrează rezultate foarte bune în competițiile în care participă, contribuind astfel la dezvoltarea continuă a fotbalului sibian .